Структура суду складається з двох основних частин: судового корпусу, тобто професійних суддів, які безпосередньо здійснюють правосуддя у відповідних справах, та апарату суду, який здійснює організаційні заходи для здійснення правосуддя.
          Серед судового корпусу варто виокремити голову Ніжинського міськрайонного суду Чернігівської області та шість суддів.
          Організаційне забезпечення роботи суду здійснює його апарат, який очолює керівник апарату. Положення про апарат суду розробляється на підставі типового положення про апарат суду та затверджується зборами суддів відповідного суду. Типове положення про апарат суду затверджує Державна судова адміністрація України за погодженням із Вищою радою правосуддя.
          Структура і штатна чисельність апарату суду затверджуються Державною судовою адміністрацією України за погодженням з головою суду в межах видатків на утримання суду, передбачених у Державному бюджеті України.
       До апарату Ніжинського міськрайонного суду Чернігівської області входять: помічники суддів, головний спеціаліст з інформаційних технологій, консультанти суду, старші секретарі суду, секретарі судового засідання, секретарі суду, старший судовий розпорядник, судовий розпорядник, завідуючий архівом, водій, прибиральниця та робітник з комплексного обслуговування й ремонту будинків.
        Керівник апарату суду призначає на посаду та звільняє з посади працівників апарату суду, застосовує до них заохочення та накладає дисциплінарні стягнення. Добір працівників апарату суду здійснюється на конкурсній основі.
        Кожен суддя має помічника, статус і умови діяльності якого визначаються Законом України «Про судоустрій і статус суддів» та Положенням про помічника судді, затвердженим Радою суддів України. Судді самостійно здійснюють добір помічників. Помічник судді призначається на посаду та звільняється з посади керівником апарату відповідного суду за поданням судді. Помічники суддів з питань підготовки справ до розгляду підзвітні лише відповідному судді.